Desde 1574 fueron llegando jesuitas a la inmensa Provincia de la Nueva Vizcaya, que se extendía hasta Nuevo México: P. Juan Sánchez, P. Hernando Suárez, P. Nicolás Arnaya, P. Gonzalo de Tapia y P. Martín Pérez; los dos últimos, en llegando fueron enviados a misionar a Culiacán; para el mismo destino luego llegaron los Padres Juan de Velasco y Alonso de Santiago.
Tanto agradó esto a los durangueños que el Gobernador Rodrigo del Río de la Loza, pidió a la Compañía de Jesús que fundara Casa en Durango, para lo cual la Compañía ordenó que la fundación de Zacatecas pasara a Guadiana, siguiéndose la fundación de la Residencia de Guadiana en 1592 o en el año siguiente. Los padres jesuitas consideraron muy positivamente asentarse en esta Villa a favor de las actividades misioneras en la Provincia, adquiriendo propiedades estratégicas, donde luego, construyeron la casa y el templo que conocemos.
Cinco años después, ese inmueble se convirtió en el primer Colegio en forma en Guadiana, como escuela de primeras letras, atendida por cuatro o cinco religiosos, que enseñaban a leer y escribir a los hijos de los vecinos; y latín y gramática a los mayores; según narra el Obispo de Guadalajara, Alonso de la Mota y Escobar, en la Visita Pastoral que hizo en 1701. Desde esta casa los jesuitas atendían las misiones establecidas en Sinaloa.
Uno de los primeros misioneros jesuitas, que anduvieron evangelizando fue el P. Gerónimo Ramírez, quién en 1594, desde Cuencamé, fue el primero que se asomó a la Región Lagunera. En 1596, el mismo P. Gerónimo Ramírez estableciendo la primera Misión en la Hacienda de La Sauceda, desde donde inició a recorrer hacia el norte y descubriendo numerosos pueblos de tepehuanos que vivían en gran ignorancia religiosa. Dedicándose todo ese año de 1596 a estudiar la lengua tepehuana, al año siguiente empezó a fundar las Misiones de Santiago Papasquiaro y Santa Catarina de Tepehuanes. Este aprendizaje de la lengua desafío a todos los misioneros, puesto que la sola Provincia de Nueva Vizcaya era un mosaico de lenguas. Probablemente, el P. Gerónimo también fundó las Misiones de S. Ignacio Tenerapa, Santos Reyes, Atotonilco, Santa Cruz de Nazas y Tizonazo. Siendo mucho territorio para uno sólo, al año siguiente le llegó el P. Juan Fonte. Mientras el P. Gerónimo misionaba hacia el norte; el P. Juan Agustín de Espinoza, misionaba al oriente de Cuencamé, fundando las Misiones de Cinco Señores, Mapimí y Parras. En la Sierra de Topia, habitada por acaxees y xiximíes, en 1598, el P. Hernando Santarén fundó las Misiones de Guazave, Topia, san Andrés, Recuchuuapa, etc.
Todas estas Misiones, fundadas con trabajo y peligro inmensos para los Misioneros, fueron centros de fe y de cultura y base firme de desarrollo humano. Los Padres misioneros de la Provincia, ocupados en convertir a los indígenas de la gentilidad, enseñar a los niños y sacramentar a todos, conservar a los ya convertidos y bendecir sus matrimonios, con mucha insistencia pedían que los bautizados se hicieran sociables después del Sacramento. A todo lo cual atendían en trabajo continuo, sin duda ayudados de la gracia del Señor, que si no muy difícilmente podrían permanecer con salud.
Bien ponderada la obra misionera de los Padres, podría considerarse milagrosa, tratándose de gente pobre, necesitada y nueva en la fe, tan hecha a las supersticiones del paganismo, sometida a las influencias de los hechiceros y hablando tantas lenguas.
Al esfuerzo ordinario, se añadían los caminos tan dificultosos, que a veces parecían despeñaderos, y que muchas veces era menester pasarlos a pie y evitando peligros, arrastrarse por el suelo o rodear las cuestas abajo.
Ante todo esto, la Casa de Guadiana apoyó mucho a los misioneros, recurriendo a ella, con oportunidad para descansar y atender a su desarrollo humano, personal y espiritual.